H ehf. átti og gerði út handfærabátinn S. F veitti H ehf. leyfi 22. september 2011 til veiða á grundvelli umsóknar H 21. september 2011 um krókaaflamarksleyfi fyrir bátinn. F svipti bátinn veiðileyfi 31. október 2011 á grundvelli 14. gr. laga nr. 57/1996 um umgengni um nytjastofna sjávar vegna veiði umfram aflaheimildir. Í málinu var þess krafist að ákvörðunin yrði felld yrði úr gildi þar sem hún bryti í bága við ákvæði stjórnarskrár, alþjóðasamninga og stjórnsýslulaga. Taldi H ehf. að félaginu hafi verið gert ókleift að stunda atvinnu sína með öðrum hætti en að falast eftir atvinnuréttindum úr hendi einkaaðila gegn greiðslu og að félagið nyti ekki lengur sama réttar og aðrir í sambærilegri stöðu til að stunda veiðar á tegundum sem ekki væru bundnar í aflamark. Þá hefði ákvörðun F farið í bága við lögmætisregluna, undirstöðu íslenskrar stjórnskipunar um að stjórnvöld væru bundin af lögum. Hæstiréttur taldi 1. mgr. 3. gr. laga nr. 116/2006 um stjórn fiskveiða fela í sér nægilega afmarkaða viðmiðun um hvernig takmörkunum ráðherra á leyfilegum heildarafla á hverju fiskveiðiári skyldi hagað. Væri ekki talið að takmarkanir um heildarafla brytu gegn 1. mgr. 75. gr. stjórnarskrárinnar um atvinnufrelsi Þá væri ákvörðun aflahlutdeildar samkvæmt 2. mgr. 8. gr. laga nr. 116/2006 og árleg úthlutun aflamarks samkvæmt 3. mgr. sömu greinar að stofni til reist á veiðireynslu skipa. Yrði að telja að við setningu laganna hafi það verið samrýmanlegt jafnræðisrökum að deila takmörkuðum heildarafla milli skipa sem þá stunduðu veiðar. Mat löggjafans hafi verið reist á málefnalegum forsendum og væru ekki efni til þess að því mati yrði haggað af dómstólum. Yrði að leggja til grundvallar að úthlutun aflaheimilda eftir 8. gr. laga nr. 116/2006 fullnægði jafnræðisreglu 1. mgr. 65. gr. stjórnarskrárinnar, 14. gr. Mannréttindasáttmála Evrópu og þeim sjónarmiðum um jafnæði sem gæta þyrfti við takmörkun atvinnufrelsis samkvæmt 1. mgr. 75. gr. stjórnarskrárinnar. Með vísan til forsendna hins áfrýjaða dóms féllst Hæstiréttur ekki á að jafnræðisregla stjórnarskrárinnar hafi verið brotin þar sem félagið nyti ekki lengur sama réttar og aðrir í sambærilegri stöðu til að stunda veiðar á tegundum sem ekki væru bundnar í aflamark. Talið var málefnalegt að hagsmunir fiskveiðistjórnunarkerfisins væru látnir vega þyngra en hagsmunir þeirra aðila sem brytu gegn kerfinu. Meðferð málsins hafi verið í samræmi við 14. gr. laga nr. 57/1996. Sýknaði Hæstiréttur stefndu af kröfu H ehf.
B hóf að gera út skip til veiða á skötusel í maí 2000. Sjávarútvegsráðherra gaf út 16. ágúst 2001 reglugerð nr. 631/2001 um aflamark fyrir fiskveiðiárið 2001-2002. Reglugerðinni var ætlað að koma í stað reglugerðar, sem sett hafði verið 5. júní sama ár, en með nýju reglugerðinni var gerð sú breyting að takmörkun á veiðum tók til nýrra tegunda, keilu, löngu og skötusels, sem ekki höfðu áður verið bundnar ákvæðum um leyfilegan heildarafla. Í ákvæði til bráðabirgða var kveðið á um það að fiskiskipum, sem höfðu veiðileyfi með almennu aflamarki og veiðireynslu á tímabilinu 1. júní 1998 til 31. maí 2001, skyldi úthlutað aflahlutdeild í þessum tegundum á grundvelli veiðireynslu. B gerði athugasemdir við kvótasetninguna við sjávarútvegsráðherra og taldi að taka hefði átt tillit til þeirra sem hefðu hafið sérstaka sókn í skötusel og í því skyni fjárfest í tækjum og búnaði til veiðanna. Þar sem það var ekki gert taldi B að ekki væri lengur grundvöllur fyrir útgerðinni og lagði hann því skipinu. Höfðaði hann mál og krafðist bóta vegna tjóns sem hann taldi sig hafa orðið fyrir vegna þess að ekki hefði verið tekið tillit til aflareynslu á tímabilinu 1. júní til 16. ágúst 2001 við ákvörðun á aflahlutdeild hans í skötusel fyrir næsta fiskveiðiár. Í 1. mgr. 8. gr. laga nr. 38/1990 um stjórn fiskveiða kom fram að þegar takmarka ætti leyfðan heildarafla í fyrsta sinn á tegund sjávardýra sem ekki hefði áður verið háð slíkri takmörkun skyldi úthluta aflahlutdeild á grundvelli þriggja síðustu veiðitímabila. Talið var að ákvæði í reglugerð nr. 631/2001 um lok viðmiðunartímabils veiðireynslu svo löngu fyrir útgáfudag hennar væri andstætt 1. mgr. 8. gr. laga nr. 38/1990 er leitt hefði til tjóns fyrir B vegna veiðireynslu sem hann hefði aflað sér á umræddu tímabili. Var viðurkennd skaðabótaskylda Í og var krafa B tekin til greina.
B var ákærður fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996 um umgengni um nytjastofna sjávar, lögum nr. 38/1990 um stjórn fiskveiða og lögum nr. 79/1997 um veiðar í fiskveiðilandhelgi Íslands með því að hafa sem skipstjóri fiskiskipsins V haldið til botnvörpuveiða án nokkurra aflaheimilda til veiðanna. S var gefin að sök hlutdeild í broti B með því að hafa sem forráðamaður einkahlutafélagsins H, sem gerði V út, hvatt til og stuðlað að því að skipinu var haldið til veiðanna án aflaheimilda, en einnig var S ákærður fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996 með því að hafa ekki látið vigta tiltekinn afla annars skips í eigu H. B og S viðurkenndu þann hluta ákærunnar, sem laut að veiðum án aflaheimilda, en kröfðust sýknu á þeim grundvelli, að tiltekin atriði laga nr. 38/1990 brytu í bága við stjórnarskrána. Ekki var á það fallist að með 1. mgr. 3. gr. laga nr. 38/1990 væri ráðherra falið svo óheft ákvörðunarvald um takmarkanir á heildarafla að bryti gegn áskilnaði 1. mgr. 75. gr. stjórnarskrárinnar um að atvinnufrelsinu yrði aðeins settar skorður með lögum. Almannahagsmunir krefðust þess að frelsi manna til að stunda fiskveiðar væru settar skorður og stæði ákvæðið því ekki í vegi að í lögum væri mælt fyrir um takmarkanir á leyfilegum heildarafla úr einstökum fiskstofnum eftir því, sem nauðsyn bæri til. Þegar lög nr. 38/1990 voru virt í heild þótti verða að leggja til grundvallar, að við setningu þeirra hefði löggjafinn metið það svo, að það fyrirkomulag við fiskveiðistjórn að úthluta einstökum mönnum eða félögum ákveðinni varanlegri og framseljanlegri hlutdeild í heildaraflanum væri fallið til að stuðla að verndun og hagkvæmri nýtingu nytjastofnanna, sameign íslensku þjóðarinnar, og tryggja með því trausta atvinnu og byggð í landinu, sbr. 1. gr. laganna. Þau sjónarmið, að miða úthlutun aflaheimilda við veiðireynslu á ákveðnum tímabilum og deila takmörkuðum heildarafla milli skipa, sem þá stunduðu veiðar, þóttu ekki hafa verið ómálefnaleg eða leiða til mismununar í andstöðu við grunnreglu stjórnarskrárinnar um jafnræði. Sú skipan laga nr. 38/1990 að aflaheimildir væru varanlegar og framseljanlegar þótti meðal annars styðjast við þau rök, að sú hagkvæmni, sem af því hlytist leiddi til arðbærrar nýtingar fiskstofna fyrir þjóðarbúið í samræmi við markmið 1. gr. laganna. Þá væru aflaheimildir aðeins varanlegar í þeim skilningi að þær yrðu hvorki felldar niður né þeim breytt nema með lögum og gæti Alþingi kveðið nánar á um réttinn til fiskveiða, bundið hann skilyrðum eða innheimt fyrir hann frekara fégjald en nú væri gert. Að öllu virtu þótti mat löggjafans reist á málefnalegum forsendum og voru ekki talin efni til þess, að því yrði haggað af dómstólum. Var úthlutun aflaheimilda eftir 7. gr. laga nr. 38/1990 talin fullnægja jafnræðisreglu stjórnarskrárinnar og þeim sjónarmiðum um jafnræði, sem gæta þyrfti við takmörkun atvinnufrelsis og var því ekki fallist á varnir B og S vegna þess hluta ákærunnar, sem laut að veiðum án aflaheimilda. Voru þeir sakfelldir fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996, lögum nr. 38/1990 og lögum nr. 79/1997 auk þess, sem fallist var á þá niðurstöðu héraðsdóms, að S hefði einnig gerst sekur um brot gegn fyrstnefndu lögunum með því að láta ekki vigta afla, eins og honum var gefið að sök í síðari hluta ákærunnar. Voru B og S og einkahlutafélagið H dæmd til greiðslu sektar, en bæði brotin þóttu hafa verið til þess fallin að vera félaginu til fjárhagslegs ávinnings. Þá var jafnvirði þess afla, sem landað hafði verið úr skipinu V eftir umrædda veiðiferð þess, gert upptækt.