Með ákvörðun Fiskistofu 6. september 2016, sem staðfest var með úrskurði Fiskistofu 5. október sama ár og með úrskurði nefndar samkvæmt 6. gr. laga nr. 37/1992 um sérstakt gjald vegna ólögmæts sjávarafla 6. janúar 2017, var S ehf. gert að greiða sérstakt gjald samkvæmt 2. mgr., sbr. 1. mgr. 1. gr. laga nr. 37/1992, vegna ólögmæts rækjuafla af Eldeyjarsvæðinu, sem landað var úr þremur veiðiferðum í september 2015. Landsréttur taldi að álagning gjaldsins fæli í sér íþyngjandi ákvörðun stjórnvalds sem byggja yrði á skýrum lagafyrirmælum. Forsenda fyrir álagningu gjaldsins væri sú að um ólögmætan sjávarafla væri að ræða, í þessu tilviki að hann væri fenginn án þess að sérstakt veiðileyfi samkvæmt 2. mgr. 7. gr. laga nr. 79/1979 um veiðar í fiskveiðilandhelgi Íslands væri fyrir hendi. Því bæri að skýra bráðabirgðaákvæði II í reglugerð nr. 503/2015, um breytingu á stofnreglugerð nr. 258/2012 um rækjuveiðar innfjarða, þröngri skýringu en þar var kveðið á um að rækjuveiðar á Eldeyjarsvæðinu væru heimilar frá gildistöku reglugerðarinnar 5. júní 2015 til 31. desember sama ár. Yrði ekki önnur merking lögð í ákvæðið en ráða hefði mátt af orðalagi þess, þ.e. að ekki hefði þurft sérstakt leyfi Fiskistofu til veiðanna á umræddu tímabili. Fyrir lægi að skip S ehf. hefði verið með skráð aflamark í Eldeyjarrækju og að afli þess í veiðiferðunum þremur í september 2015 hefði verið innan aflamarksins. Þá lægi fyrir að skipið hefði verið við veiðar innan leyfðs veiðitímabils. Var því talið að lagaskilyrði hefðu ekki staðið til álagningar gjaldsins í umrætt sinn og var fyrrnefndur úrskurður nefndar samkvæmt 6. gr. laga nr. 37/1992 því felldur úr gildi.
E keypti skip og sótti um leyfi til veiða í atvinnuskyni fyrir það. Fiskistofa og sjávarútvegsráðuneytið höfnuðu beiðninni með vísan til þess að endurnýjunarrétti og rétti skipsins til veiðileyfis hefði á sínum tíma verið afsalað til Þróunarsjóðs sjávarútvegsins af þáverandi eigendum skipsins gegn greiðslu úreldingarstyrks. E krafðist ógildingar á úrskurði sjávarútvegsráðuneytisins og bóta vegna ætlaðs tekjutaps þann tíma sem skip hans hafði ekki veiðileyfi. Hæstiréttur sýknaði Í og kvað E bundinn af þeim samningi, sem gerður var um úreldingu skipsins. Sá samningur, sem væri reistur á skýrum fyrirmælum laga, væri enn í gildi og bakaði E sömu skyldur og styrkþega á sínum tíma. Bótakrafa E þótti ekki studd nægilegum gögnum og var vísað sjálfkrafa frá héraðsdómi.
S og F gerðu með sér kaupsamning í nóvember 1998, þar sem S keypti af F veiðileyfi skips, en aflahlutdeild og aflamark fylgdu ekki með í kaupunum. Kaupverðið átti S að greiða með tveimur jafn háum greiðslum 1. desember 1998 og 1. mars 1999 og afhenda átti hið selda 1. apríl 1999. Samhliða fyrri greiðslunni var þinglýst yfirlýsingu á skipið um eignarrétt S á veiðileyfinu, en þegar síðari greiðslan færi fram átti að afhenda beiðni til Fiskistofu um varanlegan flutning veiðileyfisins. Vegna breytinga á lögum um stjórn fiskveiða, sem gerðar voru í ársbyrjun 1999 í kjölfar dóms Hæstaréttar 3. desember 1998, varð veiðileyfið verðlaust og engir hagsmunir tengdir afhendingu þess. S sendi bréf til F 10. desember þar sem fram kom að hann teldi forsendur fyrir viðskiptunum brostnar og að samningur S og F væri ógildur. Jafnframt krafðist hann endurgreiðslu á fyrri greiðslu samkvæmt samningnum. F hafnaði endurgreiðslukröfunni og höfðaði S þá mál þetta. Aðalkrafa S um staðfestingu riftunar á grundvelli bréfs frá 10. desember var ekki tekin til greina, en fallist var á niðurstöðu héraðsdóms um að umrætt bréf gæti ekki talist riftunarbréf. Þá var fallist á niðurstöðu héraðsdómara um að hafna varakröfu S um riftun samningsins með vísan til laga nr. 39/1922 um lausafjárkaup. Hins vegar var, með vísan til 1. mgr., sbr. 2. mgr. 36. gr. laga nr. 7/1936, talið að víkja ætti kaupsamningi S og F til hliðar að því er varðaði þann hluta hans, sem ekki hafði verið efndur, en með vísan til sanngirnissjónarmiða þótti rétt að S og F bæru sameiginlega halla af þeim ófyrirsjáanlegu breytingum, sem urðu eftir samningsgerðina og hvorugur aðila réði neinu um. Var F því sýknað af endurgreiðslukröfu S.
Í ákvað á árinu 1995 að auka við skipastól sinn með því að kaupa frá Hjaltlandseyjum fiskiskipið A. Fékk Í almennt veiðileyfi fyrir A samkvæmt þágildandi ákvæðum 4. og 5. gr. laga nr. 38/1990. Til að rýma fyrir A innan fiskveiðiflotans í samræmi við fyrirmæli laga og reglna afsalaði Í almennu veiðileyfi þriggja fiskibáta og keypti jafnframt veiðileyfi og endurnýjunarrétt þriggja fiskiskipa í eigu annarra aðila, til að geta afsalað þeim réttindum í sama skyni. Varð Í ekki eigandi að skipunum sjálfum, heldur samþykktu seljendur að þau yrðu tekin úr rekstri sem fiskiskip við Ísland. Kaupunum fylgdu engar veiðiheimildir skv. 7. gr. laga nr. 38/1990. Byggði Í á því að líta mætti á kaupverðið sem beint tjón, er hann hefði beðið vegna þeirrar skerðingar á atvinnufrelsi og eignarréttindum, sem falist hefði í 5. gr. laganna. Talið var að þau ákvæði reglugerðar nr. 406/1995, sem á reyndi, hefðu átt nægilega lagastoð og hefði ekki verið um ólögmætt valdframsal að ræða til sjávarútvegsráðherra. Þá var ekki á það fallist, að niðurstaða Hæstaréttar 3. desember 1998 um efnisinntak þágildandi 5. gr. laga nr. 38/1990 yrði skýrð á þann hátt, að tilkall útgerðarmanna fyrir gildistöku laga nr. 1/1999 til að mega endurnýja og stækka skipaflota sinn án takmarkana af hálfu löggjafarvaldsins gæti notið eignarréttarverndar stjórnarskrárinnar.
Skip V hafði leyfi til veiða úr norsk-íslenska síldarstofninum á grundvelli reglugerðar nr. 190/1997, sem sett var með stoð í lögum nr. 38/1990 og lögum nr. 151/1996. Í 4. gr. reglugerðarinnar kom fram að skipum, sem leyfi hefðu til veiðanna, væri heimilt að veiða 233.000 lestir af síld á árinu. Þá var kveðið á um í reglugerðinni að Fiskistofa (F) myndi þegar áætlað leyfilegt heildarveiðimagn væri að nást fella úr gildi öll leyfi til síldveiða. Sjávarútvegsráðherra breytti reglugerðinni með reglugerð nr. 323/1997 og þar var kveðið á um að við fyrstu löndun eftir 31. maí féllu úr gildi veiðileyfi þeirra skipa, sem áður hefðu landað síld úr stofninum. Síðar setti ráðherra reglugerðir nr. 339/1997 og 478/1997, en í síðastnefndu reglugerðinni segir að landi skip ekki fullfermi í fyrstu löndun eftir 31. maí 1997 sé því heimilt að fara í fleiri veiðiferðir, enda færi samanlagður afli þess eftir 31. maí ekki yfir það magn, sem mest hefði verið landað úr því skipi á síldarvertíðinni fyrir þann tíma. Skip V veiddi 5283 lestir á vertíðinni. Mestur afli í einni veiðiferð var 1634 lestir. Eftir 31. maí fór skipið tvær veiðiferðir og landaði alls 2443 lestum, sem var 809 lestum umfram heimild, sbr. 1. gr. reglugerðar nr. 478/1997. Í janúar 1998 tilkynnti F V um þetta og að til stæði að leggja á hann sérstakt gjald vegna umframaflans, sbr. heimild 4. gr. reglugerðar nr. 190/1997, sbr. 12. gr. laga nr. 151/1996 og laga 1. gr. 37/1992 um sérstakt gjald vegna ólögmæts sjávarafla. Mótmælti V gjaldinu, en greiddi það með fyrirvara og höfðaði síðan mál til endurgreiðslu á fjárhæðinni. Talið var að meginreglan væri sú að öllum íslenskum skipum væru heimilar veiðar utan lögsögu Íslands með þeim takmörkunum, sem settar væru að lögum. Í 4. gr. laga nr. 151/1996 komi skýrt fram, að sjávarútvegsráðherra skuli binda veiðar íslenskra skipa á úthafinu sérstökum leyfum við ákveðnar aðstæður. Sé ekki umdeilt að slíkar aðstæður hafi verið fyrir hendi um norsk-íslenska síldarstofninn við setningu reglugerðar nr. 190/1997. Þá var talið ótvírætt að ráðherra hefði verið heimilt að setja nauðsynleg skilyrði fyrir útgáfu leyfanna. Talið var að heimildir skips V til frekari veiða en gert var ráð fyrir í reglugerð nr. 323/1997 væru ívilnandi ráðstöfun útgerðinni til handa. Voru veiðar skipsins eftir 31. maí 1997 umfram það magn, sem mest hafði verið landað úr einni veiðiferð á vertíðinni, taldar fara í bága við skilyrði, sem sett voru samkvæmt 4. gr. laga nr. 151/1996, og því ólögmætar. Var íslenska ríkið sýknað af öllum kröfum V.