E hélt samnefndum bát til veiða í fiskveiðistjórnunarkerfinu. E byggði mál sitt á því að breytingar sem gerðar voru á fiskveiðistjórnunarkerfinu á árunum 1999 til 2004 og lutu að úthlutun aflahlutdeildar í þorski til hans hefðu verið ólögmætar og bakað Í bótaskyldu gagnvart honum. Var aðallega krafist viðurkenningar á bótaábyrgð Í á tjóni E árið 1999 sem falist hefði í því að hann hefði orðið af úthlutun aflahlutdeildar í þorski samkvæmt úthlutunarreglu 3. mgr. bráðabirgðaákvæðis II í lögum nr. 1/1999 um breyting á lögum nr. 38/1990 um stjórn fiskveiða, þar sem tillit til nýlegrar veiðireynslu hafði ekki áhrif á hvaða aflahlutdeild kæmi til skipta milli báta sem veiddu á línu- og handfæri og að skipting aflahlutdeildar hefði einungis ráðist að hluta af nýlegri aflareynslu. Þannig miðaði E við að ef tillit hefði verið tekið til nýlegrar veiðireynslu hans hefði það leitt til þess að aflahlutdeild hans hefði orðið meiri heldur en raun varð þar sem lög nr. 1/1999 hefðu tekið mið af eldri aflareynslu. Taldi E að tilgreind lagasetning hefði brotið gegn stjórnarskrárbundnum réttindum hans. Þá hafði E einnig uppi í málinu fjórar varakröfur um viðurkenningu bótaábyrgðar Í og miðuðu þrjár þeirra við að tilgreind ákvæði fiskveiðistjórnunarlaga og að ráðstafanir á grundvelli þeirra gengju gegn jafnræðisreglu stjórnarskrár og eignarréttarákvæði hennar. Talið var að þegar litið væri til þess hvaða tilvik væru sambærileg í skilningi 1. mgr. 65. gr. stjórnarskrárinnar yrði að bera bát E saman við aðra báta sem hefðu verið í sömu stöðu og hann þegar kom að úthlutun aflahlutdeildar í þorski, en það hefðu verið eigendur þeirra níu báta annarra sem við gildistöku laga nr. 1/1999 völdu að stunda veiðar með krókaaflamarki, og að málefnaleg sjónarmið réttlættu að þeir væru ekki taldir sambærilegir við þá sem völdu hinn kostinn, sóknardaga. Var því ekki talið að brotið hefði verið gegn stjórnarskrárvörðum rétti E er kveðið var á um úthlutun til hans samkvæmt úthlutunarreglu 3. mgr. bráðabirgðaákvæðis II í lögum nr. 1/1999 þó svo ekki hefði verið tekið tillit til nýlegrar veiðireynslu. Var því niðurstaða héraðsdóms um aðalkröfu og aðra, þriðju og fjórðu varakröfu staðfest. Fyrstu varakröfu sína byggði E hins vegar á því að hann hefði orðið af úthlutun aflahlutdeildar í þorski þar sem rangar aðferðir hefðu verið viðhafðar við útreikning aflahlutdeildar til hans þar sem úthlutunin hefði miðað við rangan skilning á lögunum. Fallist var á skýringu Í á lagaákvæðinu og talið ljóst að hvorki orðalag nefnds ákvæðis né lögskýringargögn styddu skilning E. Var Í einnig sýkn af þessari kröfu E.
B var ákærður fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996 um umgengni um nytjastofna sjávar, lögum nr. 38/1990 um stjórn fiskveiða og lögum nr. 79/1997 um veiðar í fiskveiðilandhelgi Íslands með því að hafa sem skipstjóri fiskiskipsins V haldið til botnvörpuveiða án nokkurra aflaheimilda til veiðanna. S var gefin að sök hlutdeild í broti B með því að hafa sem forráðamaður einkahlutafélagsins H, sem gerði V út, hvatt til og stuðlað að því að skipinu var haldið til veiðanna án aflaheimilda, en einnig var S ákærður fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996 með því að hafa ekki látið vigta tiltekinn afla annars skips í eigu H. B og S viðurkenndu þann hluta ákærunnar, sem laut að veiðum án aflaheimilda, en kröfðust sýknu á þeim grundvelli, að tiltekin atriði laga nr. 38/1990 brytu í bága við stjórnarskrána. Ekki var á það fallist að með 1. mgr. 3. gr. laga nr. 38/1990 væri ráðherra falið svo óheft ákvörðunarvald um takmarkanir á heildarafla að bryti gegn áskilnaði 1. mgr. 75. gr. stjórnarskrárinnar um að atvinnufrelsinu yrði aðeins settar skorður með lögum. Almannahagsmunir krefðust þess að frelsi manna til að stunda fiskveiðar væru settar skorður og stæði ákvæðið því ekki í vegi að í lögum væri mælt fyrir um takmarkanir á leyfilegum heildarafla úr einstökum fiskstofnum eftir því, sem nauðsyn bæri til. Þegar lög nr. 38/1990 voru virt í heild þótti verða að leggja til grundvallar, að við setningu þeirra hefði löggjafinn metið það svo, að það fyrirkomulag við fiskveiðistjórn að úthluta einstökum mönnum eða félögum ákveðinni varanlegri og framseljanlegri hlutdeild í heildaraflanum væri fallið til að stuðla að verndun og hagkvæmri nýtingu nytjastofnanna, sameign íslensku þjóðarinnar, og tryggja með því trausta atvinnu og byggð í landinu, sbr. 1. gr. laganna. Þau sjónarmið, að miða úthlutun aflaheimilda við veiðireynslu á ákveðnum tímabilum og deila takmörkuðum heildarafla milli skipa, sem þá stunduðu veiðar, þóttu ekki hafa verið ómálefnaleg eða leiða til mismununar í andstöðu við grunnreglu stjórnarskrárinnar um jafnræði. Sú skipan laga nr. 38/1990 að aflaheimildir væru varanlegar og framseljanlegar þótti meðal annars styðjast við þau rök, að sú hagkvæmni, sem af því hlytist leiddi til arðbærrar nýtingar fiskstofna fyrir þjóðarbúið í samræmi við markmið 1. gr. laganna. Þá væru aflaheimildir aðeins varanlegar í þeim skilningi að þær yrðu hvorki felldar niður né þeim breytt nema með lögum og gæti Alþingi kveðið nánar á um réttinn til fiskveiða, bundið hann skilyrðum eða innheimt fyrir hann frekara fégjald en nú væri gert. Að öllu virtu þótti mat löggjafans reist á málefnalegum forsendum og voru ekki talin efni til þess, að því yrði haggað af dómstólum. Var úthlutun aflaheimilda eftir 7. gr. laga nr. 38/1990 talin fullnægja jafnræðisreglu stjórnarskrárinnar og þeim sjónarmiðum um jafnræði, sem gæta þyrfti við takmörkun atvinnufrelsis og var því ekki fallist á varnir B og S vegna þess hluta ákærunnar, sem laut að veiðum án aflaheimilda. Voru þeir sakfelldir fyrir brot gegn lögum nr. 57/1996, lögum nr. 38/1990 og lögum nr. 79/1997 auk þess, sem fallist var á þá niðurstöðu héraðsdóms, að S hefði einnig gerst sekur um brot gegn fyrstnefndu lögunum með því að láta ekki vigta afla, eins og honum var gefið að sök í síðari hluta ákærunnar. Voru B og S og einkahlutafélagið H dæmd til greiðslu sektar, en bæði brotin þóttu hafa verið til þess fallin að vera félaginu til fjárhagslegs ávinnings. Þá var jafnvirði þess afla, sem landað hafði verið úr skipinu V eftir umrædda veiðiferð þess, gert upptækt.