Í ársbyrjun 1993 var ákveðið á hluthafafundi S hf. að hækka og síðan lækka aftur hlutafé í félaginu. Í kjölfarið ákvað stjórn félagsins að lækkunarfjárhæðin yrði greidd hluthöfum, sem allir tengdust fjölskylduböndum, með útgáfu skuldabréfa, sem voru vaxta- og afborgunarlaus til 12 ára. S hf. gjaldfærði síðan árleg afföll af skuldabréfunum í rekstrarreikningum félagsins auk þess sem þau voru skuldfærð í ársreikningum félagsins. Með úrskurði skattstjórans í Reykjavík 18. desember 2001 voru gjaldfærslur affallanna felldar niður gjaldaárin 1996 til 2000 og tekjuskattstofnar félagsins hækkaðir í samræmi við það auk þess sem bætt var við 25% álagi á hækkunina. Niðurstaða skattstjórans var staðfest með úrskurði yfirskattanefndar 24. september 2003 og krafðist S hf. ógildingar á þeim úrskurði. Á það var fallist með Í að skattskil S hf. hefðu verið þannig úr garði gerð að þau tímamörk, sem fram koma í 1. mgr. 97. gr. laga nr. 75/1981 um tekju og eignarskatt, hefðu átt við. Þá var talið að hnökri á málsmeðferð skattstjóra, sem fólst í því að kveða upp tvo úrskurði vegna gjaldársins 1996, hafi ekki átt að leiða til ógildingar á úrskurðinum. Önnur atriði, sem S hf. taldi fela í sér annmarka á meðferð málsins á stjórnsýslustigi, voru einnig talin haldlaus. Á það var fallist með Í að afföll af skuldabréfunum hefðu ekki getað talist til kostnaðar við að afla eða ávaxta fé í rekstri félagsins, sbr. 1. tölul. 1. mgr. 31. gr. laga nr. 75/1981, heldur hafi verið um að ræða útgjöld, sem leiddu af því að losa fé til hluthafanna. Afföllin hefðu því fallið utan við heimild ákvæðisins til að draga kostnað frá tekjum af rekstri. Þá var talið að sú ráðstöfun að greiða lækkun hlutafjárins með þeim hætti sem gert var hefði verið verulega frábrugðin því sem almennt gerðist í slíkum skiptum og ekki væri ástæða til að ætla að til þeirra hefði komið milli óskyldra aðila. Yrði að telja ljóst að tilgangurinn með þeirri ráðstöfun hafi fyrst og fremst verið skattalegur ávinningur. Því var talið að skattstjóra hefði verið heimilt að skerast í leikinn á grundvelli 1. mgr. 58. gr. laga nr. 75/1981 og lækka gjaldfærðan rekstrarkostnað félagsins á þann hátt sem hann gerði. Þá var hafnað kröfum S hf. um niðurfellingu álags. Var Í því sýknað af kröfum S hf.
M krafðist þess að sá hluti úrskurðar héraðsdóms er laut að ákvörðun skattstjórans um álagningu tekjuskatts og útsvars á sóknaraðila vegna tekjuársins 2001 yrði felldur úr gildi. Tekið var fram að tekjur M umrætt ár, sem mynduðu stofn til útreiknings tekjuskatts og útsvars, hefðu verið fengnar sem laun frá hlutafélagi, bætur úr almannatryggingum og loks sem ellilífeyrir frá Lífeyrissjóðnum Framsýn en sá þáttur nam tæplega fimmtungi af samanlögðum tekjum M. Sakarefni málsins varðaði aðeins álagningu skatts á þennan hluta tekna M og þá einungis að því leyti, sem lífeyrisgreiðslur gætu talist vera vextir, verðbætur og önnur ávöxtun af innborguðum iðgjöldum en M vefengdi ekki að skattur væri réttilega lagður á meginhluta tekna hennar umrætt ár. Í ljósi þess að málsókn M var reist á því að fá skattálagningu endurskoðaða að því er varðaði eitt tiltekið atriði var talið að krafa hennar hefði gengið langt út yfir markmiðið með málsókninni. Var niðurstaða héraðsdóms því staðfest.
F krafði Þ um greiðslu búnaðarmálasjóðsgjalds auk bjargráðasjóðsgjalds, framleiðsluráðsgjalds, og neytenda- og jöfnunargjalds vegna framleiðslu hans á garð- og gróðurhúsaafurðum fyrir tímabilið 1. júní 1994 til 31. maí 1995. Á það var fallist með héraðsdómara, að Þ væri réttur aðili kröfu F, þar sem Þ hefði ekki sýnt fram á, að þau fyrirtæki sem sinnt höfðu heildsölu fyrir hann, hefðu dregið gjöldin af því verði sem hann fékk fyrir framleiðslu sína. Talið var að gjöldin yrði að telja skatta, enda væri hér um að ræða gjöld, sem væru lögð á tiltekna hópa eða lögaðila samkvæmt einhliða ákvörðun ríkisvaldsins án þess að sérstakt endurgjald ætti að koma fyrir. Var á það fallist með héraðsdómara að gjöldin gengju ekki gegn ákvæðum stjórnarskrárinnar um atvinnufrelsi, félagafrelsi og jafnræði. Hvað varðaði búnaðarmálasjóðs- og bjargráðasjóðsgjaldið, og framleiðsluráðsgjaldið, var talið að ekki hefði verið farið eftir fyrirmælum reglugerðar nr. 393/1990 um innheimtu gjalds til Búnaðarmálasjóðs og reglugerðar nr. 536/1990 um innheimtu gjalda til Framleiðsluráðs landbúnaðarins og Stofnlánadeildar landbúðarins. Var því fallist á það með héraðsdómara, að réttra aðferða hefði ekki verið gætt við álagningu gjaldanna, og Þ sýknaður af kröfu F um greiðslu þeirra þegar af þeirri ástæðu. Um neytenda- og jöfnunargjaldið var vísað til þess að í lögum nr. 45/1971 um Stofnlánadeild landbúnaðarins, landnám, ræktun og byggingar í sveitum, sbr. lög nr. 41/1981, væri ekki kveðið á um skýrslugerð eða tekið fram að áætla mætti framleiðslu til ákvörðunar gjaldstofns. Var á það fallist með héraðsdómara að ekki yrði lagt á gjald samkvæmt áætlaðri framleiðslu nema samkvæmt skýrri lagaheimild. Varð Þ þegar af þeirri ástæðu ekki dæmdur til þess að greiða neytenda- og jöfnunargjöldin, sem byggðu á áætlun F.
Hluthafar í hlutafélaginu F keyptu í árslok 1990 öll hlutabréf í hlutafélaginu H á nafnverði. Hlutafélagið H var síðan strax sameinað hlutafélaginu F og fengu hlutafarnir aukið hlutafé fyrir. Tveimur dögum síðar voru allar eignir og skuldir sem tilheyrt höfðu H seldar nýju félagi, Þ, en eigendur þess voru að mestu leyti þeir sömu og áður höfðu átt H. Var tilgangur þessara eignayfirfærslna sá einn, að nýta yfirfæranlegt tap H á móti rekstrarhagnaði F við álagningu tekjuskatts. Var tilgangi þessum m.a. lýst í kaupsamningi sem fylgdi skattframtali F vegna rekstrarársins 1990. F nýtti tapið vegna álagningar árin 1991, 1992 og 1993 en árið 1994 lagði skattstjóri tekjuskatt vegna þessara ára að nýju á F og taldi að óheimilt hefði verið að nýta tapið þar sem ekki hefði verið um að ræða algjöran samruna í skilningi skattaréttar. Féllst yfirskattanefnd á hina breyttu álagningu í úrskurði. F stefndi ríkinu til að fá álagningu þessari hnekkt. Taldi hann álagninguna vera efnislega ranga auk þess sem tveggja ára frestur skattstjóra til að endurskoða fyrri álagningu sína hefði verðið liðinn. Talið var að ekki hefði verið um algjöran samruna að ræða. Þá var talið að í framtali ársins 1991 og fylgigögnum þess hefði ekki verið að finna fullnægjandi upplýsingar til að byggja á rétta álagningu skattsins. Hefði skattstjóri því haft sex ára frest til að endurskoða álagningu sína. Var ríkið því sýknað af kröfum F.
H og Þ stofnuðu sameignarfélagið P sem tilkynnt var til firmaskrár. Var svo um samið að félagið skyldi vera eigandi alls hlutafjár H og Þ í tilteknum hlutafélögum og rekið sem sjálfstæður skattaðili. P taldi svo fram sem sjálfstæður skattaðili árin 1992 til 1996. Skattstjóri ákvað árið 1996 að endurákvarða opinber gjöld P þannig að þau féllu niður en þess í stað skattleggja eignir og tekjur P með eignum og tekjum H of Þ. Auk þessa lagði skattstjóri álag á skattstofna H og Þ við álagningu opinberra gjalda vegna framangreinds tímabils. Talið var að P uppfyllti að formi til skilyrði þess að teljast sjálfstæður skattaðili samkvæmt 3. tl. 1. mgr. 3. gr. laga nr. 75/1981 um tekju- og eignarskatt. Skilyrði fyrir sjálfstæðri skattskyldu sameignarfélags væri hins vegar að félag hefði atvinnurekstur með höndum en því væri ekki til að dreifa um P. Var því hafnað kröfu P, H og Þ um ógildingu ákvarðana skattstjóra. Þá var talið að framtöl P, H og Þ hefðu verið með þeim hætti að heimilt hefði verið að endurákvarða opinber gjöld þeirra og leggja álag á skattstofna H og Þ.