Opinbert mál var höfðað á hendur JÁ, J, K, T, SH og A, en 32 af 40 ákæruliðum var vísað frá héraðsdómi með dómi Hæstaréttar í máli nr. 420/2005. Hins vegar var lagt fyrir héraðsdóm að taka aðra ákæruliði til efnismeðferðar og var leyst úr þeim með hinum áfrýjaða dómi. Fyrir Hæstarétti sneri málið að 33., 34., 35., 36., 38. og 40. ákærulið, en fallið hafði verið frá sökum á hendur J og T og jafnframt dregið úr sakargiftum á hendur öðrum. Samkvæmt 33. til 36. lið ákæru var JÁ gefið að sök að hafa brotið gegn 43., sbr. 36. gr. þágildandi laga nr. 144/1994 um ársreikninga með því að hafa í starfi forstjóra B hf. látið rangar og villandi skýringar fylgja ársreikningum félagsins 1998 til 2001, þar sem látið hafi verið hjá líða að tilgreina nánar tiltekna fjárhæð lána, sem hafi verið veitt honum sjálfum, K og tveimur nafngreindum félögum. Við skýringu á merkingu hugtaksins lán var tekið mið af því að eingöngu reyndi á hana við úrlausn um hvort JÁ hefði gerst sekur um refsiverða háttsemi. Var hugtakið því skýrt eftir orðanna hljóðan, en við skýringu á ákvæðinu jafnframt litið til 2. og 3. mgr. 26. gr. reglugerðar nr. 696/1996. Tekið var fram að þær fjárhæðir, sem tilgreindar voru í ákæru, hefðu myndast sem mismunur B hf. til eignar, sem stóð í lok hvers reikningsárs í bókhaldi félagsins á viðskiptareikningum hvers skuldara. Var ekki fallist á með ákæruvaldinu að hugtakið lán tæki til heildarfjárhæðar krafna B hf. á hendur fyrrgreindum aðilum í lok hvers reikningsárs, án þess að frekar yrði að huga að því hvernig kröfurnar hefðu myndast. Af skoðun á viðskiptareikningum var talið að tilteknar færslur sem taldar voru B hf. til eignar gætu ekki talist hafa komið til með veitingu láns, óljóst væri af bókhaldsgögnum hvort aðrar færslur hefðu stafað af lánveitingum og þar að auki væri nokkur fjöldi færslna sem allar líkur virtust á að skipa ætti þannig í flokk. Auk þessa og annarra álitaefna var þó talið skipta mestu máli að JÁ, SH og A hefði ekki gefist fyrir dómi kostur á að koma fram skýringum og afstöðu sinni til þess hvort einstakar færslur varði lán í skilningi 43. gr. laga nr. 144/1994 og eftir atvikum hvort einhverjar gætu hafa verið undanþegnar tilgreiningarskyldu samkvæmt ákvæðinu. Var því staðfest niðurstaða héraðsdóms um sýknu JÁ, SH og A af þessum sakargiftum. Í 38. lið ákæru var JÁ sakaður um að hafa brotið gegn tollalögum og almennum hegningarlögum með því að hafa við innflutning bifreiðar í nafni B hf. gefið rangar upplýsingar um verð hennar í aðflutningsskýrslu og lagt fram því til stuðnings tilhæfulausan reikning. Þótt lagt væri til grundvallar að JÁ hefði verið kunnugt um að greiðslur vegna bifreiðarinnar hefðu numið hærri fjárhæð en sem tilgreind var í þeim reikningi, sem lá til grundvallar aðflutningsskýrslu, var ekki talið sannað gegn eindreginni neitun hans að hann hefði ákveðið eða lagt á ráðin um hvaða gögn yrðu afhent því félagi sem sá um gerð skýrslunnar eða skipt sér að öðru leyti af skýrslugerð. Ekki var talið nægilega hafið yfir skynsamlegan vafa að mistök annarra starfsmanna félagsins hefðu ekki valdið því að ranglega hefði verið staðið að verki við samantekt gagna um verð bifreiðarinnar til undirbúnings greiðslu aðflutningsgjalda. Var niðurstaða héraðsdóms um sýknu JÁ af þessum sakargiftum því staðfest. Í 40. lið ákæru var K sökuð um brot gegn tollalögum og almennum hegningarlögum með því að hafa við innflutning bifreiðar gefið rangar upplýsingar um verð hennar í aðflutningsskýrslu og lagt fram því til stuðnings tilhæfulausan reikning. Ekki voru talin fram komin viðhlítandi gögn um gangverð bifreiðar, eins og þeirrar sem um ræddi, á þeim stað og tíma sem kaupin voru gerð. Þá var þrátt fyrir umtalsverða sönnunarfærslu talið óljóst hvað ætla mátti að það félag sem útvegaði K bifreiðina kynni að hafa greitt fyrir hana. Að þessu athuguðu var fallist á með héraðsdómi að gegn eindreginni neitun K hefði ekki verið færðar viðhlítandi sönnur fyrir þeim sökum sem hún var borin. Var niðurstaða dómsins um sýknu hennar því staðfest.
S hafði setið í gæsluvarðhaldi í 10 daga vegna gruns um að hann hefði gerst sekur um skjalafals og tollsvik í tengslum við innflutningi á bifreiðum og vegna ætlaðrar aðildar hans að fjársvikum. Með dómi Héraðsdóms Suðurlands var hann sýknaður af þessum sakargiftum. Í kjölfarið krafðist hann þess að íslenska ríkið greiddi honum bætur vegna miska, sem hann taldi sig hafa orðið fyrir vegna gæsluvarðhaldsins. Það var mat dómsins að tilefni hafi verið til að S sætti gæsluvarðhaldi á því stigi rannsóknar málsins, er gæsluvarðhaldsúrskurðurinn var kveðinn upp, og að skilyrði 1. mgr. 103. gr. laga nr. 19/1991 um meðferð opinberra mála hafi að öðru leyti verið uppfyllt. Ekki var talið að ákvæði stjórnarskrárinnar, mannréttindasáttmála Evrópu eða annarra laga, sem S vísaði til, ættu að leiða til þess að hann ætti rétt á bótum úr hendi ríkisins. Íslenska ríkið var því sýknað af kröfu S.
Hæstiréttur heimilaði að skýrsla yrði tekin af tveimur erlendum vitnum gegnum myndfundarbúnað.
Með dómi héraðsdóms 24. nóvember 1995 var M, stjórnarformaður og framkvæmdarstjóri hlutafélagsins G, dæmdur til þess að sæta tveggja ára fangelsi fyrir brot gegn 2. mgr. 126. gr. tollalaga nr. 55/1987, en fullnustu 21 mánaðar af fangelsisvistinni frestað skilorðsbundið í tvö ár. Taldi dómurinn sannað að M hefði með fulltingi erlends seljanda framvísað við tollayfirvöld reikningum, sem aðeins sýndu hluta þess verðs sem G hafði raunverulega greitt fyrir sendingar af frystum forsteiktum kartöflum og skotið þannig undan aðflutningsgjöldum. M ákvað að una þessum dómi og tók út hinn óskilorðsbundna hluta refsingarinnar. Með dómi Hæstaréttar 19. desember1996 var felldur úr gildi úrskurður ríkistollanefndar um endurákvörðun á aðflutningsgjöldum vegna innflutnings hlutafélagsins S á frystum forsteiktum kartöflum, þar sem talið var að álagning gjaldsins hefði verið ólögmæt. Í framhaldi af þessum dómi Hæstaréttar óskaði M endurupptöku máls síns og vísaði til þess, að með dóminum hefði verið dæmd ólögmæt álagning sams konar jöfnunargjalds og hann hefði meðal annars verið sakfelldur fyrir að koma G undan að greiða. Fallist var á beiðni M um endurupptöku málsins og var M sýknaður með dómi Hæstaréttar 12. mars 1998, þar sem talið var að eins og ríkissaksóknari hefði gert málið úr garði við áfrýjun þess, lægju engan veginn fyrir viðhlítandi sönnur fyrir sök M, en ríkissaksóknari hafði aðeins að óverulegu leyti lagt fram þau gögn fyrir Hæstarétti sem héraðsdómur taldi sanna sök ákærða. M höfðaði mál gegn Í til greiðslu miskabóta samkvæmt XXI. kafla laga nr. 19/1991 um meðferð opinberra mála og byggði kröfu sína á því, að hann hefði saklaus hlotið refsidóm og verið látinn sæta ólögmætri frelsisskerðingu, sem rót sína ætti að rekja til löglausra reglugerða landbúnaðarráðherra. Talið var, að ótvírætt væri, að jöfnunargjaldið, sem Hæstiréttur hafði dæmt ólögmætt, hefði vegið langþyngst og mestu máli skipt við refsiákvörðun héraðsdóms. Þegar litið var til gagna málsins og tveggja dóma Hæstaréttar, sem fjölluðu um undanskot á sama gjaldi, þótti mega ætla, að M hefði eingöngu hlotið sekt ef dæmt hefði verið á grundvelli allra gagna málsins í Hæstarétti 12. mars 1998. Að þessu virtu þótti M hafa ófyrirsynju orðið að þola refsivist þá, er hann var dæmdur til með dómi héraðsdóms. Voru M því dæmdar miskabætur samkvæmt 177. gr. laga nr. 19/1991, en háttsemi hans varðandi aðflutningsgjöld og skýrslugerð til yfirvalds voru virt til lækkunar bótanna.